| 15. Journée | 15.11.2008 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:1 | ||||
| 16. Journée | 29.11.2008 | FC Aarau | - | BSC Young Boys | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 04.12.2008 | FC Basel 1893 | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 19. Journée | 07.02.2009 | FC Vaduz | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 14.02.2009 | FC Aarau | - | Neuchâtel Xamax FC | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 21.02.2009 | BSC Young Boys | - | FC Aarau | 4:0 |  |
|||
| 25. Journée | 21.03.2009 | FC Aarau | - | FC Sion | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 05.04.2009 | FC Zürich | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 11.04.2009 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 18.04.2009 | AC Bellinzona | - | FC Aarau | 1:2 | ||||
| 30. Journée | 25.04.2009 | FC Sion | - | FC Aarau | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 02.05.2009 | FC Luzern | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2009 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Aarau | 1:1 | |
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| 35. Journée | 24.05.2009 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Aarau | 3:1 |  |
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| 36. Journée | 30.05.2009 | FC Aarau | - | FC Vaduz | 2:0 |
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