| 1er tour | 15.09.2005 | FC Basel 1893 | - | Široki Brijeg | 5:0 |  |
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| 1er tour | 29.09.2005 | Široki Brijeg | - | FC Basel 1893 | 0:1 | ||||
| Groupe E | 03.11.2005 | Crvena Zvezda | - | FC Basel 1893 | 1:2 | ||||
| Groupe E | 01.12.2005 | FC Basel 1893 | - | Tromsø IL | 4:3 | ||||
| Groupe E | 14.12.2005 | AS Roma | - | FC Basel 1893 | 3:1 | ||||
| 3e tour | 15.02.2006 | FC Basel 1893 | - | AS Monaco | 1:0 | ||||
| 3e tour | 23.02.2006 | AS Monaco | - | FC Basel 1893 | 1:1 | ||||
| tour des 16 | 09.03.2006 | FC Basel 1893 | - | RC Strasbourg | 2:0 | ||||
| tour des 16 | 16.03.2006 | RC Strasbourg | - | FC Basel 1893 | 2:2 | ||||
| Quarts de finale | 30.03.2006 | FC Basel 1893 | - | Middlesbrough FC | 2:0 | ||||
| Quarts de finale | 06.04.2006 | Middlesbrough FC | - | FC Basel 1893 | 4:1 |
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