| 1. Journée | 30.07.2006 | NK Pula 1856 | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 2. Journée | 05.08.2006 | NK Varteks | - | NK Međimurje | 3:1 |  |
|||
| 3. Journée | 12.08.2006 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:2 | |
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| 4. Journée | 19.08.2006 | NK Varteks | - | Kamen Ingrad | 3:0 | ||||
| 5. Journée | 26.08.2006 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2006 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 16.09.2006 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 3:1 | |
|||
| 9. Journée | 30.09.2006 | NK Varteks | - | NK Osijek | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 14.10.2006 | Dinamo Zagreb | - | NK Varteks | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 28.10.2006 | NK Varteks | - | NK Pula 1856 | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 04.11.2006 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 5:1 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2006 | NK Varteks | - | HNK Cibalia | 1:0 | |
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| 15. Journée | 11.11.2006 | Kamen Ingrad | - | NK Varteks | 1:4 |  |
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| 18. Journée | 02.12.2006 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 10.03.2007 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 2:0 | ||||
| 23. Journée | 17.03.2007 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 2:0 | ||||
| 26. Journée | 14.04.2007 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 05.05.2007 | NK Varteks | - | Slaven Belupo | 4:3 | ||||
| 33. Journée | 19.05.2007 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:1 |
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