| 1. Journée | 17.07.2016 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 02.09.2016 | Bayern München II | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:1 |  |
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| 3. Journée | 06.09.2016 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 10. Journée | 10.09.2016 | VfR Garching | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 16.09.2016 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 20.09.2016 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 2:2 | ||||
| 12. Journée | 24.09.2016 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 02.10.2016 | SpVgg Bayern Hof | - | Bayern München II | 1:0 | |
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| 14. Journée | 07.10.2016 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 27.11.2016 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München II | 2:1 |
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