| 3. Journée | 26.08.2018 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 4:1 |  |
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| 4. Journée | 02.09.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 3:5 | |
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| 5. Journée | 16.09.2018 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 3:1 | |
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| 6. Journée | 21.09.2018 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 26.09.2018 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 30.09.2018 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 07.10.2018 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 22.10.2018 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 28.10.2018 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 04.11.2018 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 10.11.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | |
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| 14. Journée | 25.11.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 15. Journée | 01.12.2018 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 10.12.2018 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | |
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| 17. Journée | 15.12.2018 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 22.12.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 4:1 | |
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