| 1. Journée | 01.08.2003 | SG Wattenscheid 09 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 17.08.2003 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 23.08.2003 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 20.03.2004 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 27.03.2004 | Rot-Weiss Essen | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
|||
| 25. Journée | 02.04.2004 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 16.04.2004 | FC St. Pauli | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 25.04.2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:2 | |
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| 29. Journée | 02.05.2004 | FC St. Pauli | - | Sachsen Leipzig | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 22.05.2004 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 30.05.2004 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 05.06.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 3:2 |
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