| 1. Journée | 05.08.2006 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:1 |  |
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| 2. Journée | 09.08.2006 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 15.09.2006 | FC St. Pauli | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2006 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 17. Journée | 17.11.2006 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 19. Journée | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 27.03.2007 | FC St. Pauli | - | Kickers Emden | 2:0 | ||||
| 38. Journée | 02.06.2007 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:1 |
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