| 4. Journée | 24.08.2003 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 5:2 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2003 | Sachsen Leipzig | - | 1. FC Köln II | 1:1 |  |
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| 7. Journée | 13.09.2003 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 0:4 | |
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| 8. Journée | 18.09.2003 | 1. FC Köln II | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 28.09.2003 | VfR Neumünster | - | 1. FC Köln II | 2:2 | |
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| 11. Journée | 10.10.2003 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln II | 2:3 | |
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| 12. Journée | 19.10.2003 | 1. FC Köln II | - | SG Wattenscheid 09 | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 08.03.2004 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 14.03.2004 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 0:4 | |
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| 23. Journée | 21.03.2004 | 1. FC Köln II | - | Sachsen Leipzig | 1:1 |
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