| 7. Journée | 28.08.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Chemnitzer FC | 3:2 | ||||
| 8. Journée | 02.09.2012 | SV Darmstadt 98 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 16.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 29.09.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hallescher FC | 3:1 | ||||
| 13. Journée | 06.10.2012 | VfB Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 27.10.2012 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 02.11.2012 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Alemannia Aachen | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 10.11.2012 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 02.02.2013 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:4 | ||||
| 30. Journée | 16.03.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 06.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfB Stuttgart II | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 20.04.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Arminia Bielefeld | 3:0 |  |
|||
| 36. Journée | 04.05.2013 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:2 |
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