| 1. Journée | 03.08.2003 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 2:2 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2003 | Chemnitzer FC | - | 1. FC Köln II | 0:0 |  |
|||
| 3. Journée | 16.08.2003 | 1. FC Köln II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 31.08.2003 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 31.10.2003 | 1. FC Köln II | - | Dynamo Dresden | 2:0 | ||||
| 16. Journée | 16.11.2003 | 1. FC Köln II | - | Hamburger SV II | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 22.11.2003 | Holstein Kiel | - | 1. FC Köln II | 5:2 | ||||
| 18. Journée | 29.11.2003 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 06.12.2003 | 1. FC Köln II | - | Chemnitzer FC | 1:2 | ||||
| 29. Journée | 01.05.2004 | SG Wattenscheid 09 | - | 1. FC Köln II | 2:4 | |
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| 30. Journée | 09.05.2004 | 1. FC Köln II | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 31. Journée | 15.05.2004 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Köln II | 3:0 | ||||
| 32. Journée | 22.05.2004 | 1. FC Köln II | - | Wuppertaler SV | 4:0 | ||||
| 33. Journée | 30.05.2004 | Hamburger SV II | - | 1. FC Köln II | 2:0 |
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