| 1. Journée | 31.08.2008 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 5. Journée | 05.10.2008 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 2:0 | ||||
| 6. Journée | 19.10.2008 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 26.10.2008 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 29.10.2008 | Panathinaikos | - | Ergotelis | 2:3 |  |
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| 8. Journée | 01.11.2008 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 9. Journée | 09.11.2008 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 15.11.2008 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 22.11.2008 | Panathinaikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 3:0 | ||||
| 12. Journée | 29.11.2008 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 04.01.2009 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 24.01.2009 | Ergotelis | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 01.02.2009 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 23. Journée | 21.02.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 |  |
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| 27. Journée | 22.03.2009 | Asteras Tripolis | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| 28. Journée | 05.04.2009 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:0 | |
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