| 4. Journée | 10.08.2016 | SV Drochtersen/Assel | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 2. Journée | 21.08.2016 | TSV Havelse | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 27.08.2016 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 2:2 | ||||
| 11. Journée | 08.10.2016 | FC St. Pauli II | - | SV Eichede | 1:0 |  |
|||
| 12. Journée | 14.10.2016 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 23.10.2016 | FC St. Pauli II | - | U.S.I. Lupo-Martini | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 31.10.2016 | Eintracht Braunschweig II | - | FC St. Pauli II | 2:2 |  |
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