| 10. Journée | 03.11.2012 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hannover 96 [A-jeun] | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 09.02.2013 | Werder Bremen [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 17.02.2013 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Rot-Weiß Erfurt [A-jeun] | 3:2 |  |
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| 18. Journée | 23.02.2013 | VfL Osnabrück [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 19. Journée | 03.03.2013 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | VfL Wolfsburg [A-jeun] | 0:5 | ||||
| 9. Journée | 10.03.2013 | Chemnitzer FC [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:4 | ||||
| 14. Journée | 13.03.2013 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 24.03.2013 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hallescher FC [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 14.04.2013 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Chemnitzer FC [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 21.04.2013 | Hannover 96 [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 3:2 | ||||
| 24. Journée | 27.04.2013 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hamburger SV [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 02.05.2013 | Hansa Rostock [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 05.05.2013 | Holstein Kiel [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 3:2 |
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