| 7. Journée | 09.09.2006 | Hertha BSC II | - | Holstein Kiel | 3:0 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | Holstein Kiel | - | 1. FC Union Berlin | 0:4 | ||||
| 9. Journée | 22.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | Holstein Kiel | - | Bayer Leverkusen II | 0:3 |  |
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| 12. Journée | 21.10.2006 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 13. Journée | 29.10.2006 | Hamburger SV II | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 18.11.2006 | Holstein Kiel | - | VfL Osnabrück | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | Holstein Kiel | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 03.12.2006 | Holstein Kiel | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | ||||
| 20. Journée | 09.12.2006 | Holstein Kiel | - | Dynamo Dresden | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 10.02.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2007 | Borussia Dortmund II | - | Holstein Kiel | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 10.03.2007 | Werder Bremen II | - | Holstein Kiel | 2:3 | ||||
| 29. Journée | 31.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | Holstein Kiel | 4:0 |
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