| 27. Journée | 09.03.2013 | SV Seligenporten | - | SV Heimstetten | 1:3 | ||||
| 29. Journée | 23.03.2013 | FC Augsburg II | - | SV Heimstetten | 0:2 | ||||
| 24. Journée | 26.03.2013 | SV Heimstetten | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:5 | ||||
| 30. Journée | 30.03.2013 | SV Heimstetten | - | SpVgg Bayern Hof | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 03.04.2013 | FC Ismaning | - | SV Heimstetten | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 06.04.2013 | FV Illertissen | - | SV Heimstetten | 4:1 | ||||
| 26. Journée | 09.04.2013 | SV Heimstetten | - | TSV 1896 Rain | 2:0 | ||||
| 32. Journée | 13.04.2013 | TSV 1860 München II | - | SV Heimstetten | 1:2 |  |
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| 28. Journée | 16.04.2013 | SV Heimstetten | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 20.04.2013 | SV Heimstetten | - | SC Eltersdorf | 2:3 | |
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| 25. Journée | 23.04.2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | SV Heimstetten | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 26.04.2013 | FC Memmingen | - | SV Heimstetten | 3:0 | ||||
| 21. Journée | 30.04.2013 | Eintracht Bamberg | - | SV Heimstetten | 1:3 | ||||
| 35. Journée | 03.05.2013 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:4 | |
 |
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| 36. Journée | 11.05.2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | SV Heimstetten | 3:2 | |
|||
| 38. Journée | 25.05.2013 | TSV Buchbach | - | SV Heimstetten | 0:2 |
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