| 14. Journée | 11.11.2013 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 3:0 | ||||
| 17. Journée | 06.12.2013 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 18. Journée | 16.12.2013 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 20.12.2013 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 23.02.2014 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 23. Journée | 03.03.2014 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 09.03.2014 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 16.03.2014 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 22.03.2014 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 |  |
|||
| 27. Journée | 25.03.2014 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 34. Journée | 11.05.2014 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:2 |
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