| 4. Journée | 28.08.2009 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:4 | ||||
| 8. Journée | 04.10.2009 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 9. Journée | 16.10.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 10. Journée | 25.10.2009 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 02.11.2009 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 12. Journée | 06.11.2009 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 22.11.2009 | FC Augsburg | - | FC St. Pauli | 3:2 |  |
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| 18. Journée | 16.01.2010 | Rot Weiss Ahlen | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
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| 24. Journée | 28.02.2010 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 0:1 |  |
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| 26. Journée | 14.03.2010 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:3 | ||||
| 27. Journée | 19.03.2010 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 28.03.2010 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 05.04.2010 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 23.04.2010 | FC St. Pauli | - | TuS Koblenz | 6:1 |
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