| 1. Journée | 12.08.2006 | Waldhof Mannheim | - | FC Emmendingen | 3:0 | ||||
| 2. Journée | 18.08.2006 | FC Emmendingen | - | SC Freiburg II | 1:3 | ||||
| 3. Journée | 26.08.2006 | FC 08 Villingen | - | FC Emmendingen | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 10.09.2006 | Stuttgarter Kickers II | - | FC Emmendingen | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 30.09.2006 | FC Emmendingen | - | TSG Hoffenheim II | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 14.10.2006 | VfR Mannheim | - | FC Emmendingen | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2006 | FC Emmendingen | - | Heidenheimer SB 1846 | 0:5 | ||||
| 11. Journée | 28.10.2006 | Normannia Gmünd | - | FC Emmendingen | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 01.11.2006 | FC Emmendingen | - | SGV Freiberg | 1:3 | ||||
| 13. Journée | 04.11.2006 | SG Sonnenhof Großaspach | - | FC Emmendingen | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 18.11.2006 | FC Emmendingen | - | TSV Crailsheim | 1:1 |  |
|||
| 16. Journée | 25.11.2006 | FC Nöttingen | - | FC Emmendingen | 4:0 | ||||
| 17. Journée | 02.12.2006 | FC Emmendingen | - | SSV Ulm 1846 | 0:3 |
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