| 16. Journée | 01.03.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hertha BSC [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 08.03.2009 | Hamburger SV [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 15.03.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | VfL Osnabrück [B-jeun] | 0:3 | ||||
| 19. Journée | 22.03.2009 | Rot-Weiß Erfurt [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 05.04.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Werder Bremen [B-jeun] | 1:8 | ||||
| 22. Journée | 26.04.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hannover 96 [B-jeun] | 2:1 |  |
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| 23. Journée | 17.05.2009 | Energie Cottbus [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 3:1 | ||||
| 24. Journée | 24.05.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Holstein Kiel [B-jeun] | 6:1 | ||||
| 15. Journée | 30.05.2009 | Hansa Rostock [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 4:0 | ||||
| 25. Journée | 07.06.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | VfL Wolfsburg [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 14.06.2009 | Concordia Hamburg [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:0 |
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