| 16. Journée | 10.02.2013 | VfB Auerbach | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 18. Journée | 03.04.2013 | ZFC Meuselwitz | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 |  |
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| 23. Journée | 06.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | TSG Neustrelitz | 2:2 | |
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| 21. Journée | 10.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin II | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 13.04.2013 | Torgelower SV Greif | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 16.04.2013 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | |
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| 17. Journée | 24.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | |
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| 26. Journée | 28.04.2013 | RB Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 4:0 | ||||
| 19. Journée | 02.05.2013 | 1. FC Magdeburg | - | Berliner AK 07 | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 04.05.2013 | 1. FC Magdeburg | - | Optik Rathenow | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 10.05.2013 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 15.05.2013 | Hertha BSC II | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 19.05.2013 | Germania Halberstadt | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 30. Journée | 25.05.2013 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Zwickau | 0:0 | |
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