| 1. Journée | 07.08.2016 | Eintracht Braunschweig | - | Würzburger Kickers | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 21.09.2016 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 25.09.2016 | Dynamo Dresden | - | Würzburger Kickers | 2:2 |  |
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| 8. Journée | 02.10.2016 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 München | 2:0 | |
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| 9. Journée | 14.10.2016 | Arminia Bielefeld | - | Würzburger Kickers | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2016 | Würzburger Kickers | - | Karlsruher SC | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 04.12.2016 | Würzburger Kickers | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 11.12.2016 | SV Sandhausen | - | Würzburger Kickers | 0:0 |  |
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| 19. Journée | 03.02.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 18.02.2017 | VfL Bochum | - | Würzburger Kickers | 2:1 | |
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| 22. Journée | 24.02.2017 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 03.03.2017 | 1. FC Union Berlin | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 30.04.2017 | Erzgebirge Aue | - | Würzburger Kickers | 3:1 |
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