| 1. Journée | 05.08.2006 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2006 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 12.08.2006 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
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| 7. Journée | 12.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli | 3:3 |  |
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| 8. Journée | 15.09.2006 | FC St. Pauli | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | |
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| 9. Journée | 23.09.2006 | Kickers Emden | - | FC St. Pauli | 1:1 |  |
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| 11. Journée | 15.10.2006 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV II | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 21.10.2006 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 13. Journée | 27.10.2006 | FC St. Pauli | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 17.11.2006 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:0 | |
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| 19. Journée | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 08.12.2006 | FC St. Pauli | - | Wuppertaler SV | 1:1 | |
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