| 1. Journée | 06.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VfB Pößneck | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 12.08.2006 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 20.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VFC Plauen | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 26.08.2006 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 |  |
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| 9. Journée | 21.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV Dessau 05 | 1:0 |  |
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| 12. Journée | 11.11.2006 | FC Eilenburg | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 18.11.2006 | Rot-Weiß Erfurt II | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:3 |  |
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| 14. Journée | 25.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Energie Cottbus II | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 24.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Sachsen Leipzig | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 27.05.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | ZFC Meuselwitz | 2:2 |
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