| 19. Journée | 22.01.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 29.01.2011 | 1. FC Saarbrücken | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 23. Journée | 05.02.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 3:0 |  |
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| 24. Journée | 11.02.2011 | Bayern München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 |  |
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| 25. Journée | 19.02.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 05.03.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot Weiss Ahlen | 3:3 | ||||
| 28. Journée | 12.03.2011 | VfR Aalen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 19.03.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:3 | |
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| 26. Journée | 26.03.2011 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 02.04.2011 | Hansa Rostock | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 05.04.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | TuS Koblenz | 2:2 | |
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| 32. Journée | 09.04.2011 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 33. Journée | 16.04.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 | ||||
| 34. Journée | 19.04.2011 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:1 | ||||
| 35. Journée | 23.04.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 1:0 |
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