| 1. Journée | 31.08.2008 | CA Osasuna | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 2. Journée | 14.09.2008 | Villarreal CF | - | Deportivo La Coruña | 1:0 |  |
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| 13. Journée | 30.11.2008 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 10.01.2009 | Valencia CF | - | Villarreal CF | 3:3 |  |
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| 19. Journée | 18.01.2009 | Villarreal CF | - | RCD Mallorca | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 24.01.2009 | Villarreal CF | - | CA Osasuna | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 01.02.2009 | Deportivo La Coruña | - | Villarreal CF | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 15.02.2009 | Racing Santander | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 21.02.2009 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 2:1 | |
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| 25. Journée | 01.03.2009 | Real Betis | - | Villarreal CF | 2:2 | ||||
| 26. Journée | 07.03.2009 | Villarreal CF | - | Espanyol Barcelona | 1:0 | |
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| 27. Journée | 15.03.2009 | Atlético Madrid | - | Villarreal CF | 3:2 | ||||
| 28. Journée | 21.03.2009 | Villarreal CF | - | Athletic Club | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 04.04.2009 | UD Almería | - | Villarreal CF | 3:0 | |
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| 33. Journée | 26.04.2009 | Getafe CF | - | Villarreal CF | 1:2 |
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