| 1. Journée | 16.07.2011 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 12.08.2011 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 22.08.2011 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 28.08.2011 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 19.09.2011 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 10. Journée | 01.10.2011 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 12. Journée | 23.10.2011 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2011 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 14. Journée | 05.11.2011 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 19.11.2011 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 27.11.2011 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 3:1 | ||||
| 19. Journée | 19.12.2011 | FC St. Pauli | - | Eintracht Frankfurt | 2:0 |  |
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| 20. Journée | 04.02.2012 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 28. Journée | 02.04.2012 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 07.04.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 30. Journée | 10.04.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 13.04.2012 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 |
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