| 18. Journée | 24.01.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Frankfurt | 1:1 |  |
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| 19. Journée | 02.02.2003 | LR Ahlen | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 20. Journée | 09.02.2003 | FC St. Pauli | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 14.02.2003 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 23.02.2003 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | ||||
| 23. Journée | 28.02.2003 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 07.03.2003 | FC St. Pauli | - | Waldhof Mannheim | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 16.03.2003 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 26. Journée | 21.03.2003 | FC St. Pauli | - | SSV Reutlingen | 1:2 | |
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| 27. Journée | 06.04.2003 | Eintracht Trier | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 28. Journée | 13.04.2003 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 17.04.2003 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | |
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| 30. Journée | 28.04.2003 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 31. Journée | 02.05.2003 | FC St. Pauli | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 32. Journée | 11.05.2003 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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| 33. Journée | 18.05.2003 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:0 | |
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| 34. Journée | 25.05.2003 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 4:1 | |
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