| 7. Journée | 02.10.2016 | UE Llagostera | - | Atlético Baleares | 2:1 |  |
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| 8. Journée | 09.10.2016 | Atlético Baleares | - | Valencia CF B | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 04.12.2016 | Hércules CF | - | Atlético Baleares | 2:0 | |
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| 18. Journée | 11.12.2016 | Atlético Baleares | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 20. Journée | 08.01.2017 | Atlético Baleares | - | Levante UD B | 1:1 | |
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| 21. Journée | 14.01.2017 | RCD Mallorca B | - | Atlético Baleares | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 19.03.2017 | Atlético Baleares | - | Lleida Esportiu | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 26.03.2017 | CE L'Hospitalet | - | Atlético Baleares | 0:4 | ||||
| 32. Journée | 02.04.2017 | Atlético Baleares | - | AE Prat | 1:0 | ||||
| 37. Journée | 07.05.2017 | Villarreal CF B | - | Atlético Baleares | 1:2 |
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