| 3. Journée | 11.09.2016 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 4. Journée | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | ||||
| 6. Journée | 02.10.2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 8. Journée | 23.10.2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 |  |
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| 9. Journée | 31.10.2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | |
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| 10. Journée | 06.11.2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 12. Journée | 27.11.2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 14. Journée | 11.12.2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | |
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