| 15. Journée | 31.10.1999 | Bayern München II | - | FSV Frankfurt | 5:2 | ||||
| 16. Journée | 06.11.1999 | Quelle Fürth | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 17. Journée | 14.11.1999 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 19. Journée | 01.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 12.03.2000 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 26. Journée | 12.04.2000 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 5:0 | ||||
| 25. Journée | 20.04.2000 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 28.04.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 33. Journée | 21.05.2000 | Bayern München II | - | Quelle Fürth | 3:0 |
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