| 18. Journée | 17.08.2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 23.08.2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 |  |
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| 20. Journée | 29.08.2008 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 14.09.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 20.09.2008 | FK Khimki | - | FK Saturn | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 28.09.2008 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 05.10.2008 | FK Khimki | - | CSKA Moskva | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 19.10.2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 25.10.2008 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 |  |
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| 27. Journée | 01.11.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 16.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:2 |
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