| 1. Journée | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 2. Journée | 08.08.2016 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 4:0 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 21.08.2016 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 |  |
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| 7. Journée | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 20.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Ural | 3:0 | ||||
| 15. Journée | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 | |
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| 16. Journée | 01.12.2016 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 2:1 | |
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| 26. Journée | 01.05.2017 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | |
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| 28. Journée | 13.05.2017 | FK Ural | - | FK Krasnodar | 1:1 |
Russie