| 1. Journée | 16.03.2008 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 27.04.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 0:1 | ||||
| 8. Journée | 03.05.2008 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 1:3 | ||||
| 9. Journée | 07.05.2008 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 10.05.2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 15.05.2008 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 06.07.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 5:1 |  |
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| 13. Journée | 13.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 |  |
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| 14. Journée | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | |
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| 15. Journée | 26.07.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 02.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 09.08.2008 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 16.11.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 0:1 | ||||
| 30. Journée | 22.11.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | |
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