| 16. Journée | 30.11.1998 | 1. FC Köln | - | Karlsruher SC | 4:1 | ||||
| 17. Journée | 07.12.1998 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 13.12.1998 | 1. FC Köln | - | FC Gütersloh | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 20.12.1998 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Köln | 2:0 |  |
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| 20. Journée | 26.02.1999 | 1. FC Köln | - | Hannover 96 | 0:2 | |
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| 21. Journée | 07.03.1999 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Köln | 2:2 | ||||
| 22. Journée | 14.03.1999 | 1. FC Köln | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 22.03.1999 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 04.04.1999 | 1. FC Köln | - | Energie Cottbus | 2:2 |  |
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| 25. Journée | 09.04.1999 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln | 0:4 | |
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| 26. Journée | 19.04.1999 | 1. FC Köln | - | Fortuna Köln | 0:3 | ||||
| 30. Journée | 16.05.1999 | 1. FC Köln | - | TeBe Berlin | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 23.05.1999 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 28.05.1999 | 1. FC Köln | - | SG Wattenscheid 09 | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 13.06.1999 | Karlsruher SC | - | 1. FC Köln | 3:1 | |
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| 34. Journée | 17.06.1999 | 1. FC Köln | - | Arminia Bielefeld | 3:5 | |
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