| 1. Journée | 06.08.2016 | Hartlepool United | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 03.09.2016 | Colchester United | - | Exeter City | 2:3 | ||||
| 10. Journée | 27.09.2016 | Crawley Town | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 01.10.2016 | Carlisle United | - | Colchester United | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 08.10.2016 | Colchester United | - | Newport County | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 15.10.2016 | Doncaster Rovers | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 19.11.2016 | Yeovil Town | - | Colchester United | 2:1 |
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