| 18. Journée | 06.02.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 19. Journée | 13.02.2000 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 20.02.2000 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 27.02.2000 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 22. Journée | 05.03.2000 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 0:2 |  |
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| 23. Journée | 12.03.2000 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 4:0 | |
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| 28. Journée | 16.04.2000 | Panionios GSS | - | AO Kavala | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 03.05.2000 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 0:2 | ||||
| 31. Journée | 08.05.2000 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 21.05.2000 | Ethnikos Asteras | - | Panionios GSS | 4:2 | ||||
| 34. Journée | 28.05.2000 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 2:2 |
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