| 14. Journée | 27.11.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 03.12.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:3 | ||||
| 16. Journée | 11.12.2000 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 14.12.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 17.12.2000 | FC St. Pauli | - | LR Ahlen | 3:2 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2001 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 27. Journée | 30.03.2001 | 1. FC Saarbrücken | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 08.04.2001 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:4 | ||||
| 29. Journée | 15.04.2001 | SSV Ulm 1846 | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 31. Journée | 28.04.2001 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 05.05.2001 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2001 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 2:2 | ||||
| 34. Journée | 20.05.2001 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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