| 13. Journée | 04.10.2020 | Torpedo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 09.10.2020 | FK Tom Tomsk | - | Akron Tolyatti | 2:1 |  |
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| 15. Journée | 13.10.2020 | FK Krasnodar 2 | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 16. Journée | 17.10.2020 | FK Tom Tomsk | - | Baltika Kaliningrad | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 24.10.2020 | Veles Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 01.11.2020 | FK Chayka | - | FK Tom Tomsk | 1:1 |  |
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| 23. Journée | 21.11.2020 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 25.11.2020 | Irtysh Omsk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 29.11.2020 | Dinamo Bryansk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 05.12.2020 | FK Neftekhimik | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 10.03.2021 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 20.03.2021 | FK Tom Tomsk | - | Fakel Voronezh | 0:3 | ||||
| 32. Journée | 24.03.2021 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 2:3 | ||||
| 33. Journée | 28.03.2021 | FK Tom Tomsk | - | Torpedo Moskva | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 03.04.2021 | Akron Tolyatti | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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| 41. Journée | 08.05.2021 | FK Tom Tomsk | - | Enisey Krasnoyarsk | 1:0 | ||||
| 42. Journée | 15.05.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Nizhny Novgorod | 1:1 |
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