| 22. Journée | 21.01.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Saarbrücken | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 22.02.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 | ||||
| 27. Journée | 25.02.2012 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 28.02.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 |  |
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| 30. Journée | 17.03.2012 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |  |
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| 25. Journée | 20.03.2012 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 24.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 3:1 |  |
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| 23. Journée | 27.03.2012 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 01.04.2012 | VfB Stuttgart II | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 | ||||
| 33. Journée | 07.04.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 2:0 | |
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| 34. Journée | 10.04.2012 | VfR Aalen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:1 | |
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| 35. Journée | 14.04.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Darmstadt 98 | 2:1 | ||||
| 36. Journée | 21.04.2012 | Arminia Bielefeld | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 37. Journée | 28.04.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 05.05.2012 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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