| 1. Journée | 24.07.1999 | NK Istra Pula | - | Slaven Belupo | 0:2 | ||||
| 7. Journée | 25.09.1999 | NK Istra Pula | - | HNK Šibenik | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 02.10.1999 | HNK Rijeka | - | NK Istra Pula | 4:1 | ||||
| 9. Journée | 12.10.1999 | NK Istra Pula | - | HNK Cibalia | 3:0 |  |
|||
| 10. Journée | 16.10.1999 | NK Istra Pula | - | NK Vukovar 91 | 3:0 |  |
 |
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| 13. Journée | 06.11.1999 | NK Istra Pula | - | NK Osijek | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 23.11.1999 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Istra Pula | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 27.11.1999 | NK Istra Pula | - | Hajduk Split | 0:5 | ||||
| 16. Journée | 04.12.1999 | Croatia Zagreb | - | NK Istra Pula | 3:1 | ||||
| 19. Journée | 29.02.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 25.03.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 01.04.2000 | NK Osijek | - | NK Istra Pula | 3:1 | ||||
| 28. Journée | 15.04.2000 | NK Istra Pula | - | Slaven Belupo | 0:1 | |
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| 29. Journée | 24.04.2000 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Istra Pula | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 29.04.2000 | NK Istra Pula | - | NK Vukovar 91 | 4:3 | ||||
| 31. Journée | 06.05.2000 | NK Varteks | - | NK Istra Pula | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Cibalia | 0:1 |
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