| 14. Journée | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 |  |
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| 15. Journée | 25.07.2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | |
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| 16. Journée | 02.08.2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 09.08.2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 17.08.2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | |
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| 19. Journée | 23.08.2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 29.08.2008 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 14.09.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | |
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| 23. Journée | 28.09.2008 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 01.11.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 16.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:2 | |
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| 30. Journée | 22.11.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 3:1 |
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