| 16. Journée | 10.02.2013 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | Hamburger SV [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 24.02.2013 | Hertha BSC [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 07.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | Werder Bremen [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 20.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | VfL Osnabrück [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 28.04.2013 | VfL Wolfsburg [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 01.05.2013 | Holstein Kiel [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 2:1 |  |
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| 25. Journée | 05.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | Hansa Rostock [A-jeun] | 1:3 | ||||
| 26. Journée | 12.05.2013 | Energie Cottbus [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 0:4 |
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