| 16. Journée | 04.11.2012 | ND Mura 05 | - | FC Koper | 2:3 |  |
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| 17. Journée | 07.11.2012 | FC Koper | - | Olimpija Ljubljana | 2:0 |  |
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| 18. Journée | 10.11.2012 | NK Celje | - | FC Koper | 0:1 |  |
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| 20. Journée | 25.11.2012 | NK Maribor | - | FC Koper | 3:0 | ||||
| 21. Journée | 01.12.2012 | FC Koper | - | NK Triglav | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 03.03.2013 | NK Domžale | - | FC Koper | 1:1 | |
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| 23. Journée | 10.03.2013 | FC Koper | - | Rudar Velenje | 2:2 | ||||
| 24. Journée | 16.03.2013 | ND Gorica | - | FC Koper | 1:1 | |
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| 26. Journée | 30.03.2013 | Olimpija Ljubljana | - | FC Koper | 2:2 | ||||
| 27. Journée | 06.04.2013 | FC Koper | - | NK Celje | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 13.04.2013 | FC Koper | - | NK Aluminij | 3:0 | ||||
| 25. Journée | 17.04.2013 | FC Koper | - | ND Mura 05 | 3:1 | ||||
| 29. Journée | 20.04.2013 | FC Koper | - | NK Maribor | 2:1 | |
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| 31. Journée | 08.05.2013 | FC Koper | - | NK Domžale | 3:0 | |
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| 32. Journée | 11.05.2013 | Rudar Velenje | - | FC Koper | 1:4 | ||||
| 33. Journée | 14.05.2013 | FC Koper | - | ND Gorica | 2:2 | |
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| 34. Journée | 18.05.2013 | ND Mura 05 | - | FC Koper | 3:0 | ||||
| 35. Journée | 22.05.2013 | FC Koper | - | Olimpija Ljubljana | 0:1 | ||||
| 36. Journée | 26.05.2013 | NK Celje | - | FC Koper | 2:2 |
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