| 2. Journée | 23.08.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | ||||
| 4. Journée | 12.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 7. Journée | 03.10.2008 | Eintracht Trier | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:2 | ||||
| 8. Journée | 19.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | BV Cloppenburg | 4:1 |  |
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| 9. Journée | 26.10.2008 | Wormatia Worms | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:0 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 0:0 |  |
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| 11. Journée | 01.11.2008 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FSV Mainz 05 II | 5:0 | ||||
| 16. Journée | 05.12.2008 | SV 07 Elversberg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 20.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 21.02.2009 | Sportfreunde Lotte | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:1 |
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