| 7. Journée | 11.09.2011 | 1. FC Union Berlin | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 |  |
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| 8. Journée | 16.09.2011 | FC Ingolstadt 04 | - | Dynamo Dresden | 4:2 | ||||
| 9. Journée | 23.09.2011 | SC Paderborn 07 | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 | ||||
| 11. Journée | 15.10.2011 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 | |
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| 13. Journée | 30.10.2011 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Frankfurt | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 04.11.2011 | Karlsruher SC | - | FC Ingolstadt 04 | 3:2 | |
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| 17. Journée | 02.12.2011 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | |
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| 18. Journée | 11.12.2011 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 19. Journée | 16.12.2011 | Erzgebirge Aue | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 10.02.2012 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 08.04.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Alemannia Aachen | 3:3 | ||||
| 30. Journée | 11.04.2012 | Eintracht Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 21.04.2012 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 | ||||
| 33. Journée | 29.04.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Energie Cottbus | 1:0 |  |
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| 34. Journée | 06.05.2012 | Eintracht Braunschweig | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 |
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