| 6. Journée | 21.09.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 12. Journée | 03.11.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
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| 13. Journée | 12.11.2012 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 19.11.2012 | Hertha BSC | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 25.11.2012 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:1 | ||||
| 16. Journée | 28.11.2012 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 01.12.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:0 | |
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| 18. Journée | 09.12.2012 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 0:3 | |
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| 19. Journée | 15.12.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 03.02.2013 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 10.02.2013 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 4:1 | ||||
| 23. Journée | 22.02.2013 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 5:1 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2013 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 |
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