| 1er tour | 15.09.1998 | Sigma Olomouc | - | Olympique Marseille | 2:2 | ||||
| 1er tour | 29.09.1998 | Olympique Marseille | - | Sigma Olomouc | 4:0 |  |
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| 2e tour | 20.10.1998 | Werder Bremen | - | Olympique Marseille | 1:1 |  |
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| 2e tour | 03.11.1998 | Olympique Marseille | - | Werder Bremen | 3:2 | |
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| tour des 16 | 24.11.1998 | AS Monaco | - | Olympique Marseille | 2:2 | ||||
| tour des 16 | 08.12.1998 | Olympique Marseille | - | AS Monaco | 1:0 | ||||
| Quarts de finale | 02.03.1999 | Olympique Marseille | - | RC Celta | 2:1 | ||||
| Quarts de finale | 16.03.1999 | RC Celta | - | Olympique Marseille | 0:0 | |
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| Demi-finales | 06.04.1999 | Olympique Marseille | - | Bologna FC | 0:0 | ||||
| Demi-finales | 20.04.1999 | Bologna FC | - | Olympique Marseille | 1:1 |
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