| 1. Journée | 12.03.2000 | FC Thun | - | FC Baden | 4:0 |  |
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| 5. Journée | 08.04.2000 | FC Baden | - | FC Lugano | 0:3 | ||||
| 6. Journée | 15.04.2000 | FC Zürich | - | FC Baden | 1:2 |  |
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| 7. Journée | 21.04.2000 | FC Sion | - | FC Baden | 4:1 | |
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| 8. Journée | 30.04.2000 | FC Baden | - | FC Sion | 1:3 | ||||
| 9. Journée | 07.05.2000 | FC Baden | - | FC Zürich | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 14.05.2000 | FC Lugano | - | FC Baden | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 20.05.2000 | AC Bellinzona | - | FC Baden | 3:1 | ||||
| 12. Journée | 27.05.2000 | FC Baden | - | FC Aarau | 1:3 | ||||
| 13. Journée | 04.06.2000 | SR Delémont | - | FC Baden | 3:0 | ||||
| 14. Journée | 07.06.2000 | FC Baden | - | FC Thun | 1:1 | |
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