| 9. Journée | 24.09.2006 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | FK Pirmasens | - | Bayern München II | 0:2 |  |
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| 11. Journée | 15.10.2006 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2006 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 4:1 |  |
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| 19. Journée | 03.12.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 24.03.2007 | Bayern München II | - | SSV Reutlingen | 3:0 | |
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| 33. Journée | 26.05.2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 02.06.2007 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 |
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