| 1. Journée | 05.08.2012 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 10.08.2012 | 1. FC Köln | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 31.08.2012 | 1. FC Köln | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 17.09.2012 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 6. Journée | 21.09.2012 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Köln | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 25.09.2012 | 1. FC Köln | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 1:2 |  |
|||
| 9. Journée | 08.10.2012 | 1. FC Köln | - | Dynamo Dresden | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 20.10.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Köln | 2:3 | ||||
| 11. Journée | 26.10.2012 | 1. FC Köln | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:3 | ||||
| 12. Journée | 04.11.2012 | VfR Aalen | - | 1. FC Köln | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 02.12.2012 | 1. FC Köln | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 09.02.2013 | Energie Cottbus | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 09.03.2013 | 1. FC Köln | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 26. Journée | 18.03.2013 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Köln | 0:2 | ||||
| 27. Journée | 31.03.2013 | 1. FC Köln | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 05.04.2013 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Köln | 3:0 |
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